Según los últimos estudios realizados de la calidad del agua del lago Ypacaraí, teniendo en cuenta los coliformes fecales como parámetro para establecer la calidad de aguas destinadas a usos de recreación resaltaron que las aguas del famoso lago Ypacaraí están en la categoría de excelente.
El informe del Ministerio del Ambiente y Desarrollo sostenible (MADES) sostiene que en ninguno de los 6 puntos de toma de muestras del lago se detectaron coliformes fecales, pero los arroyos afluentes como el Yukyry, Pirayú, Capiatá, San Lorenzo e Ypucú presentaron un alto nivel de contaminación pero estos son depurados en los humedales antes de ingresar al lago.
El trabajo consistió en la colecta de muestras, mediciones in situ, análisis en laboratorio e informes referentes a los parámetros de calidad de agua en el cuerpo principal del lago Ypacaraí y otros cuerpos de agua pertenecientes a su cuenca.
Para conseguir una mejoría permanente en la calidad del agua del lago se debe implementar el proyecto que fue aprobado por el pleno de la Comisión Nacional de Gestión y Manejo del Lago Ypacaraí y su Cuenca (Conalaypa) en abril 2020, que se trata del Plan de Saneamiento Integral de la Cuenca del Lago Ypacaraí.
Dicho plan incluye medidas estructurales y no estructurales tendientes a la recomposición del ecosistema; siendo la más importante de ellas las obras de alcantarillado sanitario para las principales ciudades de la cuenca (Capiatá, Areguá, Itauguá, Ypacaraí y Julián Augusto Saldívar).